秘密組織MIB所属のエージェントJ（ウィル・スミス）とK（トミー・リー・ジョーンズ）は、日々異星人の取り締まり追われていた。長年コンビとしてやってきた2人だが、Kの単独捜査をいぶかしんだJは直接そのことを彼に問いただす。だが、本人は全然聞く耳を持…